不知是不是命运的恶作剧，黑暗物质刚好遇见了被封印在惩戒之壶内的胡帕恶念，与因为被阿尔宙斯封印起来而憎恨一切的胡帕恶念达成约定。

它帮胡帕恶念脱困并占据本体胡帕的身体，而胡帕恶念则要协助它进入人类的大陆。

那不知从何而来来的黑暗物质很清楚，人类产生的负面情绪数量是恐怖的，只要跨越风暴之壁，它就能以此作为基础壮大起来。

后面的事情便很简单了，胡帕恶念和黑暗物质互相利用，胡帕恶念脱困占据了在创世之谷被困住的胡帕本体的身体，取代了它，而黑暗物质则是如愿以偿来到了人类大陆，以负面情绪壮大了自己。

可胡帕恶念却没想到黑暗物质早已在它身上做了手脚，它变成了黑暗物质手下的第一号傀儡，以金色圆环的时空间之力不断传送宝可梦，让黑暗物质壮大了它的黑暗军队，把人类世界搅了个天翻地覆。

等镇守风暴之壁，身处各自空间的帕路奇亚和帝牙卢卡意识到时，黑暗物质已经将人类大陆化作一片废土，并来到宝可梦大陆占据了世界初始之树。

同时，因为传说精灵之间基本不会交流的原因，已经有不少传说精灵不慎被胡帕恶念传送，然后被强行拉入了黑暗，成为一具没有自我意识，只为黑暗物质征战的空壳。

也不知道黑暗物质用了什么手段，沉睡中的阿尔宙斯完全没察觉到问题，帝牙卢卡和帕路奇亚又无法进入阿尔宙斯的空间唤醒它。

无奈之下，时空双龙只能集结起仅存的兵力进行反抗，同时指引风暴之壁另一端人类大陆还残留的部分人类通过风暴之壁，来到宝可梦的大陆。

只因为它们曾经听阿尔宙斯提到过在其他的世界里，人类作为训练家与宝可梦配合，能发挥出难以想象的力量。

但阿尔宙斯并不这么认为，它觉得人类和宝可梦之间隔离开来是最好的处理方式。

抵抗黑暗物质的联军节节败退的现在，它们也只能赌一把，引渡残余的部分人类来到宝可梦的大陆，让他们与宝可梦结成伙伴，加入了抵抗之战。

果不其然，残余的人类中涌现了许多出色的存在，他们被称作勇者，虹之勇者、理想勇者、波导勇者等......

少女经过理想勇者和理想之龙的指引，寻找到了莱希拉姆沉睡的地方，想要成为真实勇者拯救世界，向毁掉她的家乡和土地的黑暗物质复仇。