袁崇焕则对崇祯帝答道，：“谨遵明旨，铭之肺腑，前去告谕官军，以宣皇上威德，必须平夷！”

此后，在袁崇焕离京之际，曾豪言赋诗“臣心期报国，誓唱凯歌归”。

袁崇焕刚刚离京，还在上任途中，就赶上宁远兵变爆发，辽东巡抚毕自肃引咎自杀。

袁崇焕抵达山海关后，次日即出关，赶往宁远平定兵变。

袁崇焕在军营当着众将士的面，宣布皇上旨意，并许诺补发欠饷，才平定了此事。

其后，袁崇焕向朝廷催发欠饷七十四万两。

但直至崇祯二年（1629年）六月，上年山海关内外的欠饷才被补完，即宁远城内的守军被拖欠了一年的军饷。

为预防再发生类似的欠饷兵变，袁崇焕奏请求户部，将每年的军饷，“预先积贮，按月待支”。（先领一年的，再按月发放。）

崇祯帝同意了袁崇焕的请求，但因为国库空虚，户部只能先预支三成的军饷。

同时，户部又核定了辽东官兵的数目，最终按关外余名、关内官兵余名的数目发饷。

除了处理欠饷问题外，袁崇焕还积极整顿军务，将关内外原本的四个总兵名额，只保留了关内和关外两个总兵名额。

两总兵分别由赵率教和祖大寿充任，并以其亲信何可纲为中军，袁崇焕居中坐镇宁远，希望能倚仗这三员将领来实现“五年复辽”的计划。

此外袁崇焕还淘汰不合格的参将、游击、守备、中军、千总、把总等官近百员。

并重新对各堡垒、驿站的布置重新规划，还提高武器装备水平，征集订战马，以“精兵、壮马、坚甲、利兵”为指导方略。

对外，袁崇焕招抚察哈尔、喀喇沁部等蒙古部落，希望以“抚赏”和救济，防止他们倒向建奴。

但袁崇焕恢复了同皇太极的通信，希望能与建奴有议和的可能，这也使得有人怀疑他与建奴媾和。