下令逮捕毛文龙，但毛文龙拒绝认罪，袁崇焕于是历数其十二当斩之罪：专制一方、欺君冒功、跋扈不臣、侵吞粮饷、私通岛夷、擅行任免、劫掠商人、好色诲淫、虐待辽民、谄媚魏阉、掩败为功、观望养寇。

最后袁崇焕当着众将士的面说道，“今日杀了毛文龙，本督师若不能恢复全辽，愿偿尔命！”

毛文龙所部的麾下将士，都叩头为毛文龙求情。

毛文龙也察觉到了袁崇焕的杀意，于是他本人也开口求饶。

但袁崇焕深知，开弓没有回头箭，于是袁崇焕拒绝了众将士的求情。

请出了崇祯御赐的尚方宝剑，令水营都司赵可教、何麟图监斩，旗牌官张国柄行刑，用尚方宝剑斩杀了东江总兵毛文龙。

袁崇焕斩杀毛文龙后，将原东江军分为四协，分别以毛承禄、徐敷奏、刘兴祚、陈继盛统领。

并任命陈继盛，暂时代管东江镇，并将带来的白银赏给东江官兵，每人得赏银三两。

此外，袁崇焕还亲自到毛文龙棺前焚香祭拜，并表示，“昨日斩尔，是朝廷大法；今日祭尔，是我辈私情。”言罢还当着众人落泪。

待一切布置完毕后，袁崇焕返回宁远，上书崇祯帝请罪。

虽然袁崇焕强调了自己此举是为了整肃军纪。

但崇祯帝还是对袁崇焕不请示而擅杀大将的行为十分生气，但崇祯帝此时正倚重袁崇焕。

便下旨斥责了毛文龙的死有余辜，并嘉奖了袁崇焕的果断行动。

之后，将东江军队，进一步缩编为东、西（左、右）二协，分别以陈继盛及刘兴祚统领。

袁崇焕杀毛文龙后不久，与建奴的和谈破裂，双边关系再度紧张。

崇祯二年（1629年）十月，为嘉奖袁崇焕抵御建奴的功劳，崇祯帝加封袁崇焕为太子太保。

当袁崇焕沉浸在升官的喜悦中时，皇太极正准备西征事宜。

皇太极的攻击目标有两个，一个是林丹汗的察哈尔部，另一个则是崇祯帝的大明。

经过思考，皇太极最终决定攻明。

但此次攻明，皇太极并没有选择越过关、宁、锦防线攻明。