隆武政权土崩瓦解之后，郑成功无奈之下只得远遁金门暂避风头。然而，他并未就此消沉，反而雄心勃勃地展开了一系列行动。此后，他不辞辛劳，奔走于沿海各个地方，积极招兵买马，并努力收编郑芝龙昔日的旧部，在南澳这个战略要地成功募集到了数千名英勇善战的兵力。

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时间来到永历元年（也就是清朝顺治四年，公元 1647 年）的正月，郑成功在小金门竖起大旗，以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”这样一个响亮而又饱含深意的名号正式誓师反清。

此时此刻，郑成功麾下的得力部将大致来源于以下三个重要方面：其一，有那么一小部分将领始终坚定不移地追随着郑成功一同起兵反抗，其中就包括洪旭等忠勇之士；其二，还有许多来自福建沿海地区满怀壮志豪情的仁人义士纷纷响应郑成功的招募，比如海澄人士甘辉以及漳浦人蓝登等等，他们都怀着一腔报国热血投身于这场轰轰烈烈的反清大业之中；其三，则是一些原本由清方派驻在东南沿海一带，但内心深处依然眷恋着大明故国的将领们，他们毅然决然地选择弃暗投明，主动脱离清军归附郑成功帐下效力。

永历元年，风云变幻之际，李成栋毅然决然地举起了反清大旗。然而令人意想不到的是，随后他竟追随郑芝龙一同投降清朝，并被划拨至佟养甲和李成栋的部下，参与对两广地区的猛烈进攻。在此期间，诸如施琅（彼时名为施郎）、洪习山以及黄廷等一众将领，经历了一番波折后，最终又再度回归到郑成功的阵营之中。

而正是这支历经辗转的军队，在日后逐渐发展壮大，成为了郑成功部队中的核心力量。但回顾自隆武二年起直至永历五年这段”漫长而艰难“的时光，郑成功所取得的军事成绩实在难以称得上辉煌。不说其屡屡遭遇战败之苦，就算偶尔获胜，那也仅仅只是些小规模的胜利罢了。面对清军强大的攻势与压力，郑成功及其军队在战场上可谓是举步维艰。如：

永历元年七月，骄阳似火，大地仿佛被炙烤得快要燃烧起来。郑成功率领着他的军队，会同郑彩所部，气势汹汹地向着海澄发起了猛烈的进攻。然而，尽管他们英勇无畏，但最终还是未能攻克这座坚城，无奈之下只能黯然撤退。

仅仅过了一个月，也就是永历元年八月，郑成功并未因之前的失利而气馁，反而愈挫愈勇。这一次，他与郑鸿逵率领的部队联合起来，将目标锁定在了泉州府城。他们兵临城下，准备一举拿下这座重要的城池。但就在双方激战正酣之时，清漳州副将王进率领着大批援军如神兵天降般赶到战场。面对清军强大的兵力和精良的装备，郑军渐渐陷入劣势，最终难以抵挡，只得且战且退。

时光荏苒，转眼间来到了永历二年。此时的南明局势愈发艰难，但仍有一些仁人志士愿意追随郑成功，共图抗清大业。其中，南明浙江巡抚卢若腾等人毅然前来归附，使得郑成功的实力得到了进一步增强。经过一段时间的休整和积蓄力量之后，郑成功决定再次主动出击。

五月，郑军浩浩荡荡地包围了泉州城，城内的清军惊慌失措。郑军日夜攻城，喊杀声震天动地。然而，正当他们以为胜利在望的时候，战局却突然发生了逆转。七月，清朝靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦以及福建提督赵国祚等人率领大军转而对同安发动了凶猛的攻击。郑军猝不及防，仓促应战。由于敌我双方力量悬殊，郑军在这场战斗中损失惨重，守将及众多军民纷纷战死或受伤，鲜血染红了这片土地。

不久之后，清朝的援军也相继抵达泉州。面对如此严峻的形势，郑成功深知继续围攻泉州已无胜算，于是他怀着满腔悲愤下令撤军，带领残兵败将怆然退回海上。望着那渐行渐远的陆地，郑成功暗暗发誓：终有一日，我定会卷土重来！

话说那永历二年之时，原本效命于唐王朱聿键、入据广州并建立起绍武政权的总兵林察，竟仓惶自广东逃归。此人带回一则重大消息，乃是有关广西、湖广等地纷纷拥立永历帝之事。

闻此讯后，郑成功不禁喜形于色，兴奋地高举双手过顶，额头之上更是因激动而青筋暴突，口中高声言道：“天可怜见！吾终于寻得可为之效力之君主矣！”言罢，当即下令摆设香案，面朝南方虔诚下拜。自此以后，他便遥遥尊奉永历皇帝所定之年号及历法，以示忠心不二。