十月二十日，朱由校下旨：革除山东都司下属各卫所。

东昌卫、平山卫、临清卫、及东昌府各地千户所、百户所整编为“东昌卫”；

济南卫、德州卫、德州左卫及济南府各地千户所、百户所整编为“济南卫”；

青州左卫、安东卫及青州府各地千户所、百户所整编为“青州卫”；

兖州护卫、任城卫、济宁卫、沂州卫及兖州府各地千户所、百户所整编为“兖州卫”；

莱州卫、灵山卫、鳌山卫、登州卫、威海卫、成山卫、靖海卫、大嵩卫及莱州府、登州府各地千户所、百户所整编为“登莱军”，设立“登莱军指挥使司”。

由于兖州府和青州府各卫所早就被卢象升调到了河南归德府整训备战参与围剿义军，所以兖州卫和青州卫的整编直接交由卢象升在归德府就地进行，成为山东都司最早完成整编，并形成战斗力的两卫。

早在袁可立成为山东总督时，为了管理好登莱两府，不断支援东江镇，袁可立就整顿过登莱各卫所，强化了莱州卫和登州卫的战备和纪律；

后来卢象升代理山东军务，大力加强了军务训练、兵器甲胄的修理补充；

张允登和张光奎主持军务时，又清除了卫所中的老弱病残和大量吃空饷的关系户；

到袁枢巡抚登莱时，招募补充了大量新兵加强训练。

可以说，登莱两府的卫所是除边军外，朝廷在地方上掌控力度最大、即战力最强的队伍了。

由于准备充分，执行力强，政令执行到位，登莱军迅速整编成左、中、右三军。

十月三十日，朱由校任命曹文诏为登莱军指挥使，曹变蛟为参将，率登莱军赶赴河南参与围剿。

十一月二日，朱由校收到登莱巡抚袁枢的奏折。

袁枢奏报：

山东登莱船务工程，目前胶州湾一期工程第一批四家造船厂、十二座船坞已基本建成，月底之前就可以投入生产建造战船；