机构上，废除二十四衙门，设立“内务府”，裁撤合并成新的部门。

四司中，惜薪司并入工部营缮局，裁撤钟鼓司、宝钞司、混堂司，职能移交内务府；

八局中，兵仗局改为“兵器监”，银作局改为“金银监”，裁撤浣衣局、巾帽局、针工局、内织染局、酒醋面局、司苑局，职能移交内务府；

十二监中，保留了司礼监、御马监和尚膳监，裁撤内官监、司设监、御用监、神宫监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监，职能移交内务府。

于是，内廷便变成了司礼监、御马监、尚膳监、兵器监、金银监及内务府并立，所执掌的职能范围也有所变动。

任命魏忠贤为司礼监掌印太监；

任命王承恩为御马监掌印太监；

任命刘若愚为兵器监掌印太监；

召回在家乡的曹化淳，任命为金银监掌印太监；

提拔了皇后身边的太监卢光纯为尚膳监掌印太监；

任命李朝钦为内务府掌印太监。

这次的改革，分化了司礼监部分职能，但侍奉在皇帝身边批答奏章、传宣谕旨的主要职务和权力没有太大变动，仍然兼职提督东厂。

御马监没有太大变动，但王承恩兼任监军署提督太监，所以监军署也就实际上成为了御马监的下属机构，也是军机二十二卫的监管者。

兵器监不仅承接了原来兵仗局的职能，还兼并了其余大量有关兵戎军事上的事务，火药、烟花等也由其负责制造、运输和保存。