临走前，小刚再次向乔伊小姐告白，也再次毫无意外地被发出魔性笑声的蛙哥用毒击干倒并拖走。

就这样，尼比道馆史上最大的危机被解决了。

而另一边，与小光和小刚都分别了的小智，回到了真新镇的家里。

在跟妈妈花子，还有大木博士，以及寄放在大木研究所后院里的宝可梦们打过招呼后，小智在家里待了几天。

这次的神奥地区之旅大约过了7个月的时间，从自己穿越过来到现在，已经过了整整两年零8个月左右了。

几天后，大木博士来找小智和花子，说是他应邀要去合众地区出席一个学术会议，要前往合众地区。

而在会议之外的时间，都是空闲时间，所以想要邀请小智和花子一起去旅行。

花子和小智都表示愿意。

花子是因为很久没有一起出去旅行了，而小智则是身不由己，他本来是不太想去合众地区的，

但是因为宝可梦检察组织最近改革了，更名为宝可梦监察局，Pokémon Inspection Agency，简称为PIA。

仍然隶属于宝可梦联盟，小智不仅职位没变，还升了一级。