自二代火影开始，木叶警卫部就成为了宇智波的自留地，和别的部门不同，木叶警卫部完全由宇智波自治，部内部外全都是宇智波的自己人，不论是人员的选拔和提升，还是他们的出警和执法，都由宇智波自己全权负责。

在木叶警卫部，宇智波可以说是一手遮天，权力大到没边。

按着二代火影的意思说，这是宇智波的回报《火影里的国术宗师》第二百八十七章 ：为忍者正名《火影里的国术宗师》