黄巾军起兵后，在全国形成三个主要战区：

颍川地区由波才等人领导。

当年三月，朝廷派左中郎将皇甫嵩以及右中郎将朱儁率领京城五校尉、三河骑兵以及招募到的部分精锐共四万余人前往镇压。

四月，颍川黄巾军在邵陵打败汝南太守赵谦，朱儁也被波才黄巾军击败。

五月，皇甫嵩增援朱儁，波才军再次击败皇甫嵩，但随后在长社之战中，皇甫嵩以火攻取胜，骑都尉曹操率军及时增援，与皇甫嵩共同进攻。最终在阳翟将颍川黄巾军彻底击败。

六月，皇甫嵩又在西华击败彭脱军队，汝南、颍川、陈国三郡黄巾军被镇压。

南阳地区由张曼成领导。

三月，张曼成率领黄巾军攻杀南阳太守褚贡。

六月，新任太守秦颉击杀张曼成，黄巾军推举赵弘为首领并攻占宛城。

从六月到八月，朱儁与荆州刺史徐璆先后率兵增援。

赵弘战死后，黄巾军韩忠统帅，在朱儁攻击之下被迫投降，但不久后再次反叛。

十一月，朱儁再次攻克宛城，斩首孙夏，南阳黄巾军被平定。