奏疏上呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解，韩火广不答应，他便跑到朱由校面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，王体乾等人也一起护着他，朱由校懵然不辨真相，便温语安慰他，而在第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。杨涟既被斥责，魏大中以及给事中陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷上奏魏忠贤的不法之事。叶向高和礼部尚书翁正春请将魏忠贤遣回私宅，以平息公众的指责，朱由校不许。
魏忠贤很气愤，想将异己者全部杀掉，顾秉谦便偷偷地把魏忠贤所忌恨的人记录下来，交给他，让他逐个将他们贬斥，王体乾又倡议用廷杖，威胁廷臣。不久，工部郎中万燝上书指责魏忠贤，立即被杖死，魏忠贤又借御史林汝翥的事侮辱叶向高，叶向高因此辞职而去，而林汝翥也被杖打，廷臣都很恐惧。
一时间被罢斥的有吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷以及杨涟、左光斗、魏大中等前后数十人，其后又驱逐韩火广和兵部侍郎李邦华。正直之士离开朝廷，就如摇动枯树纷纷落下的叶子一样。魏忠贤于是假传圣旨用旧例转科道官员，以朱童蒙、郭允厚为太仆少卿，吕鹏云、孙杰为大理寺丞，恢复霍维华、郭兴治为给事中，徐景濂、贾继春、杨维垣为御史，而起用徐兆魁、王绍徽、乔应甲、徐绍吉、阮大铖、陈尔翌、张养素、李应荐、李嵩、杨春懋等人作为他的爪牙。
不久，又起用拟被遣戍的崔呈秀为御史。崔呈秀于是编造《天鉴录》、《同志录》等，王绍徽也编造《点将录》，都以邹元标、顾宪成、叶向高、刘一燝等为魁首，并将不依附于魏忠贤的人全部网罗进去，将他们指为东林党人，献给魏忠贤，魏忠贤很高兴，于是这帮小人更加向魏忠贤献媚，联手攻击东林党。
当初，朝臣争论三案以及辛亥、癸亥这两年的京察和熊廷弼一案，魏忠贤本没有参预。其党徒想凭借魏忠贤的权力排挤那些正直之士，便相继归附魏忠贤，自称义子，并且说：“东林党将要害您老人家。”因此，魏忠贤也想自图快意。
御史张讷、倪文焕，给事中李鲁生，工部主事曹钦程等，竞相打击报复好人，而御史梁梦环又重兴汪文言一案，将他下到镇抚司拷打至死。许显纯编录囚犯供辞的文书，词语连及赵南星、杨涟等二十余人，使他们或被撤职或被遣戍。又逮捕杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等六人，将他们牵连进熊廷弼案中，投进监狱，拷打至死。又杀熊廷弼，将他的亲家御史吴裕中杖打至死，又将尚书李宗延、张问达，侍郎公鼐等五十余人撤职逐出，朝中机构为之一空。而特召亓诗教、刘述祖等人为御史，凡是与魏忠贤有私人关系都得越级升迁，于是魏忠贤的党羽遍布朝野。
东厂的缉捕人员四处横行，凡他们缉访过的地方，不管情况是虚是实，都被整得稀烂。外戚李承恩，是宁安大长公主的儿子，家中藏有公主赐给的器物，魏忠贤诬告他盗窃乘舆服饰等禁物，将他判了死罪；中书吴怀贤读杨涟的奏疏时，击掌赞叹，家奴将他告发，结果怀贤被杀死，家也被抄了；武弁蒋应阳为熊廷弼讼冤，立即被诛死。民间偶有言语触犯了魏忠贤，便被捉拿杀戮，甚至被剥皮、割舌，被杀者不可胜数，人们路上相遇，只能以目传意，不敢言语。这年，魏忠贤得加恩三等，庇荫都督同知，又荫封他的族叔魏志德为都督佥事，升傅应星为左都督，并表彰他的母亲，而以魏良卿为佥书锦衣卫，掌南镇抚司事务。
皇帝仪仗队组成，魏忠贤得以庇荫都督佥事，他又派党羽李永贞假冒浙江太监李实上奏，逮捕惩治前应天巡抚周起元以及已辞官归乡的江浙籍人高攀龙、周宗建、缪昌期、周顺昌、黄遵素、李应升等，高攀龙投水而死，周顺昌等人死于狱中。苏州百姓见周顺昌被捕，很不平，便打死了两名校尉，巡抚毛一鹭便逮捕颜佩韦等五人，将他们诛死。刑部尚书徐兆魁治理狱案，凡是魏忠贤所恨的人，便判以重刑，魏忠贤又听从霍维华的意见，命顾秉谦等人编修《三朝要典》，竭力毁谤东林党人。御史徐复阳请拆毁讲学书院，以绝党根。御史卢承钦又请立东林党碑，海内人士都屏息丧气，霍维华于是教魏忠贤在边防冒进邀功。
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辽阳男子武长春逛妓家，说了些妄言，被东厂擒拿。许显纯将他拷打治罪，故意夸大其辞说：“长春是敌人间谍，如不擒获将有变乱，赖东厂臣属忠诚机智，立下奇功。”朱由校诏封魏忠贤的侄儿良卿为肃宁伯，赐给宅第、庄田，颁给铁券。吏部尚书王绍徽请尊崇他的先世，朱由校诏令赠魏忠贤以上四世为肃宁伯。魏忠贤又假传圣旨派他的党羽太监刘应坤、陶文、纪用镇守山海关，收揽兵权。再给他记功，庇荫都督同知和世袭锦衣卫指挥使各一人。浙江巡抚潘汝桢奏请为魏忠贤建祠堂。仓场总督薛贞说草场失火，赖魏忠贤救助，得以无害。于是，为他歌功颂德的人相继不断，各地祠堂都从此开始兴建。
编修吴孔嘉与同宗人吴养春有仇，便诱使吴养春的奴仆告发主人隐占黄山，吴养春父子结果都死于狱中。魏忠贤派主事吕下问、评事许志吉先后往徽州抄他的家，株连相属，非常残酷。知府石万程心中不忍，削发挂职而去，徽州几乎酿成祸乱。其党羽都督张体乾诬告扬州知府刘铎代李承恩图谋陈解狱案，勾结方术士方景阳诅咒魏忠贤，结果刘铎竟被斩首。又以睚眦之怨，诬告新城侯的儿子锦衣卫官员王国兴，将他判以死罪，并罢免主事徐石麒。御史门克新诬告吴县人顾同寅、孙文豸写诔文祭奠熊廷弼，两人被判犯了妖言罪斩首。又逮捕侍郎王之肕，将他毙死狱中。凡是魏忠贤素来所恨的，像韩火广、张问达、何士晋、程注等人，虽已离职，也要将他们从官籍中除名，重的则被充军，死了的还要追赃，将他破家。有些魏忠贤偶然忘了的，他的党羽一定追论前事，激起魏忠贤的怒火。
当时，内外大权全归于魏忠贤，阉官除王体乾等人外，还有李朝庆、王朝辅、孙进、王国泰、梁栋等三十余人，做左右拥护。外廷文臣有崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕主谋议，称为“五虎”；武臣则有田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元主杀戮，称为“五彪”。还有吏部尚书周应秋、太仆寺少卿曹钦程等人，称为“十狗”。又有“十孩儿”、“四十孙”等名号。而做崔呈秀这帮人门下的，又不可胜数。从内阁、六部到四方总督、巡抚，都遍布他的死党。他内心忌恨张皇后，这年秋，便诬告张皇后的父亲张国纪纵奴犯法，然后假传中宫旨意，企图撼动张皇后，朱由校为他按奴法治罪，并责备张国纪。魏忠贤不满意，又派顺天府丞刘志选、御史梁梦环轮番揭发张国纪的罪状，并说皇后不是张国纪的女儿，正好王体乾危言劝阻，魏忠贤这才罢了。
三殿建成，李永贞、周应秋上奏魏忠贤的功绩，朱由校遂进封魏忠贤为上公，加恩三等。魏良卿那时已晋封肃宁侯，这时又晋封肃宁公，食禄按魏国公例发给，再加恩庇荫锦衣卫指挥使一人、同知一人，工部尚书薛凤翔上奏给魏忠贤赐府第。不久，太监陶文上奏喜峰隘口筑成，督师王之臣上奏筑山海关城，刑部尚书薛贞上奏大盗王之锦狱案，南京修建孝陵竣工，甘镇奏捷，蕃育署丞张永祚擒获盗贼，他们都说是出于魏忠贤的筹划和计策。魏忠贤又自己上奏三年缉捕的功劳，朱由校下诏褒奖。