此后崇祯帝以议饷为由，再次召见袁崇焕、祖大寿、满桂等人。

崇祯帝当着众人的面，质问袁崇焕之前擅杀毛文龙，而如今却不能抵御建奴。

袁崇焕对此惴惴不安，许久后才回答道，“是诚臣罪，是皆臣做出来的罪，臣甘领受。”

见袁崇焕认罪，崇祯帝遂命锦衣卫的张懋忠等人将他拿下，押送大牢，等候处分。

在场的诸位大臣，虽然有劝谏崇祯帝不可临阵换帅的，但崇祯帝不为所动。

但崇祯帝为了安抚满桂、祖大寿等人，并没有难为他们，而是令其还营，并以满桂接替袁崇焕统领诸军。

当袁崇焕被捕的消息传开后，关宁将士闻讯大哭。

因为在这些士兵的眼中，袁崇焕从不拖欠他们的军饷胜利，是个好官，至于上层的权力斗争，普通士兵并不在意。

此后京城中，陆续发生了京城守军猜忌、杀害关宁军的事情。

因此关宁军的普通将士更加对崇祯帝不满，都说，“以督师之忠尚不能自免，我辈在此何为？”

最后，祖大寿、何可纲率关宁军一万五千人私自跑回了辽东。

崇祯帝得知后大惊，召见大臣等商议对策，司礼太监王永祚向崇祯帝建议，此时只有袁崇焕的手书才能平息事态。

于是崇祯帝让锦衣卫指挥使刘侨到大牢中，要求袁崇焕给祖大寿写信。

袁崇焕起初并不肯，甚至说道，“我一死耳，何又作死？”

但刘侨说这是崇祯帝的旨意，也许袁崇焕写了后，崇祯帝就会放他一条生路。

袁崇焕信以为真，边哭边叩头，答应了崇祯帝的要求。

崇祯帝在得到袁崇焕所写的“勤王赎罪”的信后，派快马追上了私自东归的祖大寿所部。

祖大寿在看到袁崇焕的亲笔信后，再加上多方劝说，最终听旨，带着士兵又回到了京城，继续保卫北京。

经过这件事之后，崇祯帝对袁崇焕的态度算是有所好转，将他从锦衣卫的大牢移到了刑部的大牢。

还派人给他治病、送他锦被。

虽然崇祯帝对袁崇焕的态度有所好转，但仍旧是拒绝听从释放袁崇焕的建议。