不仅如此，崇祯帝还下令，将替袁崇焕喊冤最卖力的一个叫程本的门生处死。

在袁崇焕下狱后，原本准备撤军的皇太极再次卷土重来。

并又在永定门外大败明军，取代袁崇焕的大将满桂阵亡。

危急时刻，幸亏祖大寿带着私自东归的关宁铁骑回师西援。

收复了遵化、永平、滦州、迁安四城，将后金军全部赶出长城外，取得“遵永大捷”。

此时的袁崇焕仍在狱中，但当遵永大捷的消息传开后。

崇祯帝对袁崇焕的态度有所松动，还曾叹道，“守辽非蛮子（袁崇焕是广东人，在当时属于蛮夷之地）不可”。

虽然崇祯帝对袁崇焕的态度有所松动，但当时的内阁首辅温体仁因为党争的原因，曾多次与袁崇焕结仇。

因此十分厌恶袁崇焕，非要置袁崇焕于死地。

温体仁一系的官员，不断的上书请求崇祯帝诛杀袁崇焕，还让袁崇焕的部将谢尚政，提供袁崇焕通敌的罪证。

最终，崇祯帝命刑部核实言官弹劾袁崇焕，“擅杀逞私、谋款致敌、欺藐君父、失误封疆”这些罪行。

袁崇焕在受审的过程中，承认自己在“斩帅”（杀毛文龙）问题上是属于越权。

但自己曾事先与时任内阁次辅钱龙锡，及已故的时任兵部尚书王洽，商议过此事。

至于说自己私通建奴，袁崇焕拒不承认。

但刑部、都察院、大理寺等三法司，仍旧以谋叛罪判处袁崇焕斩首。

被崇祯帝驳回后，又以谋反大逆罪，判处袁崇焕凌迟。

此次又被崇祯帝驳回，但三司再次维持了袁崇焕凌迟的判决，这一次崇祯帝并没有驳回。

就这样，袁崇焕被判处凌迟处死。

由于朝廷将此次建奴入侵北京的责任，推到了袁崇焕的身上。

使得京师的百姓只知袁崇焕通敌，而不知道袁崇焕率领关宁铁骑救援京师，击败建奴解除了北京城的危机。